Sur l’île de Tenrô les combats entre membres de Fairy Tail et ceux de Grimoire Heart font rage. Les Sept Frères du Purgatoire semblent plus puissants les uns que les autres et donnent bien du fil à retordre à Natsu et ses compagnonsà L’issue semble d’autant plus incertaine qu’Ultia a retrouvé Zeleph, le terrible mage noir. Mais petit à petit, des secrets sont révélés qui pourraient bien entraîner certains changements de camp, d’autant que l’objectif réel de Maître Hades pourrait différer de celui qu’il annonceà

Les guildes magiques sont des associations. Elles proposent différentes tâches aux magiciens, allant de la recherche d'un objet à l'attaque en règle. Lucy, une jeune fille, rêve de devenir magicienne. Un jour, elle rencontre Natsu, un magicien maîtrisant le feu, ce dernier l'invite alors à rejoindre sa guilde. Il s'agit de la célèbre Fairy Tail, le sujet de tous les rêves de Lucy. Mais celle-ci est bien mystérieuse et semble être à l'origine de nombreux scandales.

Dans l'univers des guildes de magiciens, une seule rassemble les éléments les plus incontrôlables, la Fairy Tail ! Dans celle-ci, on retrouve, Natsu le manipulateur du feu, Happy le chat, Grey le magicien exhibitionniste, Loki le séducteur et Kanna l'alcoolique... Lucy, la constellationniste, débute... Pour sa première mission, elle fait équipe avec Natsu et Happy. Le client serait... un voleur ?!

Au premier étage de Fairy Tail se trouve le tableau des petites annonces pour les boulots dangereux ! On les appelle les "S-Quest". Il n'y a que cinq personnes capables de les accomplir mais Natsu, Lucy et Happy décident de relever le défi ! Les commanditaires de cette annonce sontles habitants d'une île qui se transforment en démons sous l'influence de la Lune. La seule solution est de lever ce sortilège... en détruisant la Lune ! Rien que ça ?!

La malédiction est le fait de Leon, le frère d'apprentissage de Grey ! Il veut ramener le démon Deliora à la vie ! Si personne ne l'arrête, l'humanité court à sa perte ! Natsu et ses compagnons vont tout faire pour l'arrêter mais Grey, qui se sent responsable de la mort de son Maître, et Leon, sont liés par le destin ! C'est de la folie, cette S-quest !

Le réveil de Deliora est pour bientôt. Natsu et ses compagnons font tout leur possible pour l'arrêter ! Quand soudain, un cri inhumain retentit et déchire le ciel ! Le démon destructeur serait-il revenu à la vie ? En souvenir d'Oul, son maître, Grey décide de se sacrifier et lance le sort de la glace ultime. Le dernier combat s'engage alors sur l'île de Galuna ! Quelle en sera l'issue ?

La guerre est déclarée entre les guildes de Fairy Tail et de Phantom Lord. En réponse à une attaque surprise, la bande de fairy Tail donne l'assaut à la guilde adverse ! Mais pendant ce temps, Lucy, qui ne participe pas à la bataille, se fait agresser. Son "secret" serait-il la véritable raison de cette guerre ?

Le bâtiment de la guilde de Phantom Lord se transforme en magicien géant et prépare un sort de destruction ! Si le sort est lancé, il ne restera rien de Fairy Tail, même pas des ruines ! Pour l'arrêter, il faut éliminer les quatre éléments dont il tire son énergie. Il ne reste plus que quelques minutes... Natsu et ses compagnons se sont introduits chez les Phantoms, le destin de Fairy Tail est entre leurs mains !

Le combat contre les phantoms touche à sa fin et tourne à l’avantage de Fairy Tail ! Mais il faut encore attendre l’avis du conseil et reconstruire la guilde. En plus, Lucy se sent responsable et laisse un message avant de repartir chez ses parents. Les problèmes ne cessent de s’amonceler ! En plus, on découvre que Loki aussi a un terrible secret ! Aujourd’hui encore, c’est la panique à Fairy Tail !

Il faut bien décompresse de temps en temps ! C'est pour ça que Natsu et les autres sont venus dans une station balnéaire.
Mais le bon temps n'est pas fait pour durer et voilà déjà une urgence à régler ! Des types patibulaires les attaquent et enlèvent Erza. Qu'est-ce que " la tour du paradis " où ils l'emmènent et qui est ce " Gerald " qui l'y attend ? La tour renferme le terrible passé d'Erza !

Grey, Erza et Lucy se lancent à la recherche de Natsu et Happy ! Pendant ce temps, Gerald avance ses pions et fait appel aux Trinity Raven, l’unité d’élite d’une terrible guilde d’assassins. L’espoir revient à nos héros quand il s’avère que Simon est de leur côté et qu’il est bien décidé à contrecarrer les plans de Gerald, mais le Conseil vient à voter l’utilisation d’Aetherion, un redoutable sort de destruction. La Tour du Paradis n’a plus que 25 minutes devant elleà

"Prions la lumière sacrée !"... Pour empêcher la résurrection de Zeleph, le conseil magique décide d'utiliser Aetherion, une sorte de super canon magique ! Pendant ce temps, Erza choisie de se sacrifier pour entraîner Gerald avec elle ! Tandis que Natsu et Erza sont encore dans la Tour du paradis, Aetherion lance son attaque ! À cet instant, Gerald sourit tel un démon, que cache ce sourire ? Tout cela aurait-il un but secret ?

Le plan farfelu de Natsu pour pousser Mistgun à apparaître en sauveur d’Edolas porte ses fruits. Nos amis peuvent alors se laisser emporter par l’Anima inverse qui renvoie tout ce qui est porteur de magie, objet comme êtres vivants, vers Earthland. Natsu et ses compagnons peuvent alors retrouver la ville et la guilde ainsi que tous ses membres dont aucun ne garde le souvenir d’avoir été transformé en cristal lacrima. Mais ils ont également la surprise de découvrir qu’ils n’ont pas été les seuls à faire le voyage : les Exceeds et une membre de la guilde donnée pour morte deux ans auparavant sont également du voyageà

Suite à l’intervention de Carla et Wendy, la reine Chagot révèle la vérité à son peuple : Extalia est au bord de la destruction et rien ne peut la sauver ! Mais Carla refuse cette fatalité et rejoint Lucy et les autres dans leur tentative de contrecarrer les plans du roi d’Edolas. Il faut l’intervention de Mistgun pour sauver, au moins provisoirement, le royaume des chats volants. Mais le roi n’a pas dit son dernier mot et refuse de s’avouer vaincu. Il se lance lui-même dans le combat aux commandes d’une redoutable armure dragon. Natsu, Gajil et Wendy ne seront pas trop de trois pour l’affronter. Pendant ce temps, Lucy et les autres tentent de sauver les Exceeds des soldats de l’armée royale et Mistgun, dont la véritable identité est révélée, met à exécution son plan pour unifier les peuples d’Edolas et d’Extaliaà

Erza et Gérald se battent contre Midnight, le plus puissant des Oracion Seis. Pendant ce temps Lucy, Grey, Natsu et Jera tentent de stopper le nirvana qui s'approche de la guilde des Cait Shelter.

La bande de Luxus a été décimée mais le palais des chants divins menace toujours la ville et Luxus refuse d'entendre raison. L'intervention de Mistgun n'y change rien, de même que l'annonce de l'état de santé de maître Makrof son grand-père. Luxus veut faire main basse sur la guilde pour remodeler Fairy Tail à son idée.

De nouveaux membres intégrent chaque jour la guilde des magiciens. Cependant, un ancien se comporte de façon inquiétante.
L'auberge de Fairy Tail a été reconstruite ! C'est un nouveau départ pour Natsu et toute la guilde. De nouveaux magiciens arrivent en masse, les événements se succèdent et tout le monde veut une interview des héros. Mais un membre de longue date de la guilde se comporte de façon inquiétante ! Une tempête de violence sans précédent s'abat sur Fairy Tail...

La battle of Fairy Tail fait rage et ne se présente pas sous le meilleur jour pour les membres fidèles au Maître Makarof. Cependant, la colère de Natsu pourrait bien modifier la donne et conduire à un renversement de situation. En attendant, l'orgueil de Luxus conduit certains membres à montrer leur puissance et à prouver leur fidélité à la guilde. Mais d'autres se révèlent peu fiables.

La révolte de Luxus est terminée et la parade peut avoir lieu. Mais à peine la fête des moissons terminée, de nouvelles aventures attendent les magiciens : Lucy découvre qu'elle est plus attachée à son père qu'elle ne le croyait et des guildes clandestines puissantes font parler d'elles.

Les Oracion Seis ont enlevé Wendy, qui est détentrice d'un grand pouvoir de guérison. Brain et les siens veulent ressusciter un homme capable de retrouver le Nirvana. Mais Ezra est terrassée par le venin d'un cobra et ses coéquipiers ont eux aussi besoin de Wendy...