Rebecca, jeune B-Cubeuse en quœte de millions de vues sur sa chaîne, et Happy, son chat bleu, débarquent sur l'île de Granbell, réputée pour son gigantesque parc d'attractions géré uniquement par des robots ! Ils rencontrent toutefois un humain, le seul de l'île : Shiki, un jeune garçon un brin sauvage qui rœve d'autres horizons. C'est alors que les employés mécaniques se montrent menaçants à l'égard des humains...

Shiki, Rebecca et Happy, aventuriers en herbe, se sont lancé le défi d’aller rencontrer ôMotherö, la déesse du Cosmos. Ensemble, ils décident de se rendre sur la planète Norma où vit le vieux docteur Wise, qui sera en mesure de leur fournir un nouveau vaisseau très perfectionné pour atteindre leur objectif. Malheureusement, des événements inattendus viennent bouleverser tous leurs plans ! Ils doivent faire face à un jeune homme qui dit aussi s’appeler ôWiseö et à une bande de pirates aux intentions plus que floues... C’est déjà le branle-bas de combat pour nos nouveaux héros !

Le vaisseau que Shiki a reçu de la part d’Erzy, la pirate du Cosmos, s’avère être celui sur lequel naviguait le Grand Démon Ziggy ! En tant que successeur de ce dernier, Shiki en devient l’héritier officiel. Assisté de Witch, l’une des Quatre Étoiles brillantes, de Rebecca et de son fidèle Happy, il décide de partir à la recherche des trois autres Étoiles afin de poursuivre sa quête de ôMotherö ! Tous se rendent alors sur Blue Garden où ils espèrent trouver des indices sur Sister, une Étoile brillante, mais une série d’enlèvements de B-Cubeuses vient perturber les plans de la petite équipe...
Comment nos héros vont-ils pouvoir s’échapper de ce piège tendu par ces individus malveillants ?

Shiki et ses compagnons se rendent sur la planète Guilst, repaire de tous les brigands de l’univers, afin de secourir Rebecca. Ils doivent alors affronter Rogue Out, la bande de mercenaires qui l’a enlevée. À leur grande surprise, leur chef s’avère être ôSisterö, l’une des Quatre Étoiles brillantes du Grand Démon qu’ils recherchent !
Mais la situation se complique brusquement : le Croque-mitemps, monstre dévoreur d’espace-temps s’approche dangereusement de Guilst...
Nos héros vont-ils survivre à ce cataclysme imminent ?! Et quel secret Sister détient-elle ?!

Afin de libérer Harmit, la troisième Étoile brillante du Grand Démon, l’équipage de l’Edens Zero fait un plongeon numérique sur Digitalis, la planète super virtuelle. Ils découvrent alors qu’ils sont tombés au cœur d’un monde à la merci d’un tueur en série très cruel ! Pour ne rien arranger, la trahison d’un compagnon les place face à un nouvel ennemi...
Dans un environnement des plus hostile, Shiki et ses amis vont devoir se surpasser pour sauver l’âme d’Harmit, très affectée par des actes malveillants !

Shiki et son équipage sont à la recherche de Valkyrie, la dernière étoile brillante du Grand Démon. Sur les conseils de Harmit, ils se rendent sur la planète du temps où ils font la connaissance d'une mystérieuse jeune fille. Celle qu'on appelle la voyante légendaire est prête à leur révéler l'emplacement de Valkyrie, mais à une seule condition...Pendant ce temps, Drakkhen Joe, l'Alchimiste des ténèbres qui sème la terreur dans Cosmos Sakura, s'intéresse dangereusement à l'Edens Zero...La grande aventure se poursuit dans l'espace infini... Et nul ne peut dire jusqu'où elle ira !

Xiaomei, la liseuse du temps, a révélé à Shiki et ses amis que Valkyrie se trouvait sur Sun Jewel, la planète des joyaux, contrôlée par la Dame écarlate et réputée comme l'un des lieux les plus paisibles de tout le cosmos. Pourtant, Shiki et Homura sont rapidement arrêtés et envoyés dans la zone de travaux forcés où ils découvrent l'enfer que vivent une partie des habitants de Sun Jewel. La Dame écarlate qui montre un intérêt inquiétant pour l'Edens Zero, Rebecca qui fait équipe avec Laviria, et un homme qui se présente comme un disciple de Valkyrie : autant de situations étonnantes qui se présentent aux yeux de nos amis... Alors que règne la confusion des sentiments, la vérité sur Valkyrie est sur le point d'éclater !

L’équipage de l’Edens Zero a retrouvé Valkyrie... ou plutôt sa carcasse. Cette dernière a été lâchement tuée par la Dame écarlate. Non seulement Homura a perdu son maître, mais elle a également appris une terrible vérité de la bouche de sa vraie mère. Shiki, révolté par la peine qu’il décèle chez son amie, décide d’aller affronter seul la Dame écarlate...
Dans la zone de travaux forcés, Rebecca et Wise doivent faire face aux assauts des trois calamités. Et pour ne rien arranger, Drakkhen Joe, attiré par l’odeur de l’argent, s’en mêle aussià
Du sang et des larmes coulent sur la planète Sun Jewel. Comment nos héros vont-ils gérer cette tragédie ?!

Attiré par le gain potentiel qu'il représente, Drakkhen Joe, l'alchimiste des ténèbres, a pris en chasse l'Edens Zero. Shiki et sa bande ont, quant à eux, quitté Sun Jewel après avoir vaincu la Dame écarlate, et ils décident de surprendre leur poursuivant en prenant l'initiative. Quelles seront les conséquences de leur opération d'infiltration ? Des affrontements qui dépassent l'entendement s'apprêtent à éclater au cours de ce terrible duel entre Edens Zero et Drakkhen Joe !