Trois années se sont écoulées depuis la Grande Guerre d'Aoi. Fort des indices récupérés de planète en planète, Shiki, désormais considéré par les autorités comme un des Six Généraux galactiques, poursuit Ziggy. Sur sa route, l'Edens Zero secourt le Captain Connor et met la main sur des informations concernant l'usine de fabrication de robots de Ziggy.
Le vaisseau met le cap sur Lendard, la planète mécanique au mouvement perpétuel. Mais contre toute attente, Hawley, membre d'Oracion Seis, entre en contact avec Shiki et lui propose une alliance...
L'action se déplace à Cosmos Kaede où une nouvelle grande bataille se prépare !...

Après avoir embarqué Laviria et Hawley d’Oracion Seis, l’Edens Zero part à l’assaut de la planète Lendard.
Malheureusement, l’équipage est accueilli par une armada de dragons commandés par God Akunera, l’un des six Généraux galactiques démoniaques !
Au même moment, Erzy parvient tant bien que mal à franchir les barrières de défense de Lendard. Elle affronte Ziggy, mais ne parvient pas à le vaincre. Shiki et trois de ses amis finissent par atterrir sur la planète où les Quatre Étoiles noires du Grand Démon les attendaientà
La grande opération ôCroque-étoileö a-t-elle encore une chance de réussir ?!

L'équipage de l'Edens Zero est déterminé à vaincre Ziggy, mais pour l'instant, il se retrouve confronté aux Quatre Etoiles noires du Grand Démon. Séparés les uns des autres dans des espaces virtuels, Shiki, Rebecca et leurs compagnons livrent des combats sans merci. Shiki vient à bout de Wizard, mais Wise est vaincu par Killer ; Rebecca par Clown ; et Homura est à la peine contre Brigandine... Pour ne rien arranger, Killer et Clown réussissent à s'introduire dans l'Edens Zero. La situation devient véritablement critique, mais Harmit et Sister n'ont pas dit leur dernier mot ! ...

Grand Démon Vs. Grand Démon !
C'est l'heure de l'affrontement tant attendu entre Ziggy et Shiki. Lors du combat, Shiki brise le masque de Ziggy et la terrible vérité éclate au grand jour !
Les Six Généraux galactiques démoniaques ainsi que l'Armée du système stellaire sont réunis dans la même zone de l'univers. Intrigues, relations, enjeux... tout devient très complexe !
Hawley se retrouve à l'intérieur du corps du géant Deadend Crow, son ennemi juré ; pendant qu'Erzy affronte Justice au coeur d'une horde de dragons...
Se rapprochant inexorablement de ce vaste champ de bataille, le Croque-mitemps fait peser une menace bien réelle sur tous nos héros ! ...

Le gentil grand-père et le cruel Grand Démon !
Shiki a découvert la vérité sur la double personnalité de Ziggy, et la surprise est de taille. Cependant, le doute qui est en lui met Pino en danger...
Erzy, quant à elle, tient entre ses mains un immense pouvoir qui permet de manipuler les dragons...
Malheureusement, au fond d'elle-même, la colère d'avoir perdu ses compagnons prend le dessus, engendrant inexorablement drames et séparations éternelles...
Alors qu'un destin vieux de 20 000 ans touche à sa fin, le véritable ennemi fait son apparition ! ...

Rachel, la mère de Rebecca, est sortie de son long sommeil. Elle annonce un avenir terrifiant : Mother s’apprête à mourir et cela entraînera la fin du genre humain. Afin d’éviter cela, tout l’équipage de l’Edens Zero décide de se rendre pour un voyage sans retour pour le dernier monde, « Univers Zéro ». Le récit reprend là où tout a commencé, à Granbell. Shiki et Rebecca, puis Happy, voilà l’heure des retrouvailles ! Un nouveau départ pour une aventure qui doit leur permettre de sauver le monde !

Les rencontres se multiplient au cœur de l'univers Zero.
Après avoir récupéré Edens Zero, le cuirassé du Grand Démon, et retrouvé leur grande amie Witch...
Shiki, Rebecca et Happy rendent visite à leurs compagnons pour reformer petit à petit l'équipage du vaisseau.
Cependant, ce monde diffère grandement de celui d'avant.
Fort de cette information, Shiki a la ferme intention de se lier d'amitié avec Drakkhen Joe et Poséidon Shura, deux de ses anciens ennemis...
La quête vers Mother est encore semée de nombreux pièges...

C’est la troisième rencontre entre Shiki et Drakkhen qui, cette fois, a entrepris de protéger le peuple de Guilst des attaques du Croque-mitemps. La Dame écarlate se lance également dans la bataille pour protéger Sun Jewel. Et Homura retrouve les souvenirs des exploits de son maître, Valkyrie. Shiki et ses amis, espérant que l’univers Zéro est un monde de paix, ont retrouvé Laguna à Cosmos Aoi. Ils affrontent alors l’empereur Shuraà Mais en coulisses, des menaces insondables s’agitent, notamment celles d’un certain savant fou !

Shiki et ses amis ont combattu aux côtés de Shura et Oracion Seis, ils sont parvenus à stopper la révolte de Muller, et après une discussion avec les quatre grands directeurs de l’Armée du système stellaire gouvernementale, ils décident de se diriger vers Cosmos Yukino. Ils arrivent sur la planète Miltz, où une fête est donnée en l’honneur de l’Edens Zero. Malheureusement, les sbires de Void sont déjà sur leurs traces !
Alors que le temps s’est subitement arrêté, Rebecca part affronter seule un général galactique démoniaque ! Que va-t-il advenir du voyage de l’Edens Zero vers Mother ?!