Une nouvelle génération de ninjas débarque à Konoha ! Afin de chercher le réceptacle disparu, la mystérieuse organisation Kara commence à bouger. Dans le même temps, Boruto et Naruto s'affrontent lors d'un entraînement. Boruto est furieux de découvrir un outil scientifique ninja au bras droit de Naruto ! Une nouvelle menace plane sur Konoha, et une nouvelle mission est confiée à Boruto...

Sasuke, Sakura et Naruto passent un test dont le but est de s'emparer des clochettes que détient le professeur Kakashi. Il leur fait bien réaliser leur infériorité et leur manque d'expérience et finit par leur annoncer qu'ils n'ont aucune chance de devenir ninjas...

En compagnie de Sasuke et de Sakura, Naruto, le pire garnement de l'école des ninjas du village caché de Konoha, réussit avec brio le test de survie imposé par maître Kakashi. A présent, les trois jeunes gens forment une vraie équipe, mais ils ne sont encore que des ninjas de rang inférieur.

'ex-shinobi, Ao, se dresse devant Boruto et ses amis !
Boruto et les autres ne peuvent rien faire contre le puissant AO doté d'outils scientifiques ninjas.
Boruto a-t-il un plan pour sortir de cette situation désespérée ?

Boruto rencontre Kawaki, un garçon qui porte le même sceau, Kâma, que le sien.
Mais Kara, le groupe de personnes à la poursuite de Kawaki, le retrouve.
Lors de l'affrontement, Kawaki semble en mauvaise posture...

Sasuke s'effondre après avoir voulu protéger Naruto... !!
Déclenché à la fois par la rage et la tristesse, un étrange bouleversement se produit en Naruto.
Haku est alors subitement balayé par le point rageur de Naruto... !

Un groupe d'aspirants ninjas venus d'un autre village sont venus à Konoha pour passer l'examen de sélection des ninjas de "moyenne classe". Kakashi propose à ses élèves de se présenter, eux aussi, à cet examen.
Et c'est partagés entre l'excitation et l'appréhension, que Naruto, Sasuke et Sakura vont déposer leur formulaire de candidature.
Qui sait ce que les épreuves leur réservent... ?

Kawaki est prisonnier des traumatismes du passé liés à son Kâma.
Cependant, petit à petit, en vivant chez Boruto, son coeur commence à s'ouvrir.
C'est alors que le noyau dur de Kara, qui poursuit Kawaki, s'introduit dans le village caché de Konoha !
De nouveau, de redoutables ennemis sont prêts à attaquer! !

Affrontement est serré entre Naruto et Delta !
Lors de ce violent duel, acculée, Delta a recours à une stratégie abjecte.
C'est alors que Kawaki va avoir un comportement inattendu...
Quelle sera l'issue du combat entre Naruto et Delta, qui fulmine de rage ?!

Kawaki commence à s'habituer à la vie du village de Konoha.
Boruto a un mauvais pressentiment...
Au même moment, le kâma de Kawaki se transforme, et Jigen en sort !!
L'affrontement entre Naruto et Jigen commence...

Sakura reste seule pour luttre contre les ninjas d'Oto no Kuni. Elle décide alors de riposter avec toute la fureur du désespoir...
Mais quelle est donc cette marque qu'Orochimaru a apposé sur Sasuke?
Quel effet va-t-elle produire lorsque celui-ci se réveillera?

Naruto, Sasuke et Sakura ont brillamment passé la deuxième épreuve et s'apprêtent maintenant à entamer la troisième.
Mais avant cela, il y aura une pré-sélection !
Kabuto vient de déclarer forfait... 20 candidats, parmi les plus doués, vont s'affronter dans une série de duels au sommet !!

Les sélections pour la troisième épreuve de l'examen se poursuivent.
Les vingt meilleurs prétendants s'affrontent dans un tournoi endiablé!
Sasuke, Shino et Kankurô sont qualifiés et le duel opposant Ino à Sakura est à son paroxysme!
À quand le tour de Naruto?!
Une bataille terrifiante se prépare...

La phase qualificative pour la troisième épreuve atteint l'apothéose avec le combat entre Lee et Gaara. Face à un redoutable adversaire qui peut commander au sable contenu dans sa jarre, Lee n'a pour seul atout que son Taijutsu, qu'il a cependant pu élever à un niveau sur-humain. Pourra-t-il inquiéter Gaara?!

Avant la tenue de la troisième épreuve, Naruto commence son entraînement sous la tutelle du mystérieux ermite des crapauds.
Dosu, qui a provoqué Gaara en duel, est terrassé en un instant sous les yeux de Kabuto et de...
Baki, le ninja de rang supérieur du pays du sable !!
Quel effroyable complot fomentent-ils ?!

L'épreuve principale de l'examen de sélection des ninjas de "moyenne classe" est sur le point de débuter. Neji et Naruto ouvrent les hostilités. "La fine fleur de Konoha contre le cancre" ? !
Naruto se rue à l'assaut de son adversaire, "le prodige à la marque maudite".
C'est maintenant que tout se décide !!

La VIe Grande Guerre Ninja n’est plus qu’un lointain souvenir et la paix s’est installée. Mais un ennemi ressemblant étrangement à Kaguya fait son apparition et s’attaque à Killer Beeà Sasuke enquête dans l’ombre et rentre pour prévenir Naruto du danger ! À Konoha, on prépare l’examen des ninjas pour passer ninja de moyenne classe. Boruto, le fils de Naruto, doit y participer en compagnie de Sarada et de Mitsuki. Boruto demande alors à Sasuke, le compagnon d’armes de son père, de le prendre comme discipleà

Kawaki, Boruto, Mitsuki et Sarada passent à l'action pour secourir Naruto, retenu prisonnier dans une autre dimension. Cependant, sur place, Boro, les y attend !! Les quatre amis sont désemparés face aux capacités surprenantes et au ninjutsu de Boro. Quelle sera leur stratégie pour sortir de cette situation désespérée ?!

Lors du combat contre Kashin Koji, Isshiki ôtsutsuki apparaît enfin sous sa véritable apparence. Pour graver à nouveau un kâma sur Kawaki, et réaliser sa résurrection, Isshiki attaque Konoha !! Mais Naruto et Sasuke sont là pour l'accueillir...

Lors du combat violent contre Isshiki Ôtsutsuki, Naruto et Kurama passent dans un nouveau mode. Afin de protéger le village de Konoha, Naruto risque sa vie... De son côté, Isshiki, malgré le peu de temps qui lui reste à vivre, parvient à capturer Kawaki en suivant la trace de son chakra. À cet instant, un changement survient chez Boruto ?!