Alors que se prépare la célébration de l'avènement du 5e Hokage, Tsunade retrouve Kohona, son village.
Ses techniques de guérison, employées sur Sasuke, ne tardent pas à faire reculer le mal, mais à peine remis, celui-ci provoque Naruto en combat singulier.

Naruto et ses amis se dirigent vers le repaire de l'Akatsuki pour sauver Gaara, prisonnier de l'infâme organisation ! Mais Itachi se dresse sur leur chemin ! Au même moment, Kisame apparaît devant le groupe de Gaï, parti en renfort ! Que va-t-il advenir de Gaara ?

Pour parvenir à ses fins, Sasuke n'hésite pas à enrôler dans son unité Jûgo, le porteur naturel de la marque maudite. Mais Konoha et Akatsuki, qui suivent de près les manoeuvres du jeune renégat, renforcent leur dispositif de défense. Naruto se met en marche à la tête d'une nouvelle unité chargée de localiser Itachi, la cible de Sasuke.